En 1568 la Compañía de Jesús funda su primera provincia en América, que es la del virreinato del Perú. El virrey Francisco Álvarez de Toledo (1515-1582), solicita al general de los jesuitas, san Francisco de Borja (1510-1572), su envío al Perú.
De Borja y Toledo, fueron miembros del séquito del emperador Felipe II, donde se conocen y traban amistad. De Borja, pariente del papa Alejandro VI, en 1546, a la muerte de su esposa, decide ingresar a la Compañía de Jesús.
El duque de Gandía, que renuncia a sus títulos, es el tercer general de los jesuitas después de san Ignacio de Loyola (1491-1556), fundador de la Orden, y Diego Laínez (1512-1565), del grupo inicial que da origen a los jesuitas.
San Ignacio ya antes había aprobado el envío de jesuitas al Perú, pero el intento se frustró en dos ocasiones. De Borja decide mandar un grupo inicial de siete jesuitas, cinco sacerdotes y dos hermanos coadjutores. En 1569 llegan otros 20 jesuitas.
En un principio establecen las casas de Lima, Cusco y Arequipa y el Colegio Máximo de San Pablo en 1568, que fue seminario y colegio católico. En la provincia del Perú ocurren muchas de las creaciones iniciales de los jesuitas en América.
Una de las fundamentales, que tendrá un gran impacto en todo el Continente, es hacerse cargo de misiones de manera permanente entre los indígenas. En 1576, los jesuitas en Perú debaten sobre esta posibilidad.
El provincial, en ese momento José de Acosta (1540-1600), un humanista de la Escuela de Salamanca, decide asumir esta nueva tarea. Así, se hacen cargo del pueblo de Juli, en las cercanías de lago Titicaca, habitado por pobladores lupacas. Aquí antes trabajaron los dominicos.
Como provincial toma decisiones de carácter antropológico y etnológicos que dan forma al proyecto, cuenta con la notable gestión del jesuita Diego de Torres Bollo, sostén de la misión de Juli y primer provincial en las reducciones de Paraguay.
El objetivo es dar inicio a un proyecto misional, propio y original de los jesuitas, que contempla la evangelización, el desarrollo social y cultural y también espacios de autonomía política-administrativa de los indígenas y sus comunidades.
La Compañía de Jesús inicia aquí su extraordinario trabajo misional entre los diferentes pueblos indígenas de América, que continuará en forma ininterrumpida hasta su supresión de los territorios de la corona de España en 1767.
En la misión de Juli se estructura las bases de la estrategia que después, con variantes, se aplicará en todo el Continente. Aquí, los jesuitas hablan de que trabajan con el “pueblo santo”.
El nuevo proyecto misional se propone construir una utópica comunidad cristiana, que proponía trabajar sobre una nueva escala de valores donde, entre otras cosas, no existiera la acumulación.
Desde un inicio, el proyecto misional se enfrenta a la realidad estructural de la injusticia, y también a problemas políticos y culturales. Los propios jesuitas de la época son autocríticos de la realización de su proyecto, pero también son conscientes de su éxito.
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