El 7 de junio de 1999, Paco Stanley fue asesinado en un violento atentado afuera del restaurante "El Charco de las Ranas" en la Ciudad de México. El ataque ocurrió poco después de haber terminado la transmisión de su programa matutino "Una Tras Otra". Mientras esperaba en su vehículo a Mario Bezares, quien se encontraba en el baño, Stanley fue sorprendido por unos sujetos armados que dispararon más de 20 veces contra su camioneta, causándole la muerte instantánea.
Recientemente, y tras la popularidad del tema por la serie de Prime Video “¿Quién lo mató?”, diversos creadores de contenido han retomado el tema, uno de ellos “Iron Manu”, quien recientemente acudió a su tumba, que está en el Panteón Español, en la Ciudad de México, y mostró que en la actualidad está muy cuidada y dentro de un espacio de la “Familia Stanley”.
El sitio tiene acabados en mármol, cancelería blanca. Por los vidrios se puede ver la tumba de Paco, la cual está en muy buen estado. Aunque el lugar es de acceso público, no se puede ingresar al espacio donde descansan los restos del exconductor.
La muerte de Stanley estuvo rodeada de controversias y teorías sobre posibles vínculos con el narcotráfico. La Procuraduría General de Justicia del Distrito Federal (PGJDF) sugirió que Stanley tenía nexos con el crimen organizado, hipótesis que fue desmentida por sus familiares. Mario Bezares y la edecán Paola Durante fueron inicialmente incriminados como autores intelectuales del asesinato, aunque posteriormente fueron declarados inocentes.
